Arxiu d'etiquetes: knock-in

How is genetic engineering done in plants?

For years, by crossing, scientists have achieved plants with a desired characteristic after many generations. Biotechnology accelerates this process and allows to catch only the desired genes from a plant, achieving the expected results in only one generation. Genetic engineering allows us to do all this. In this article I will explain what it is and how does it work.

WHAT IS GENETIC ENGINEERING?

Genetic engineering is a branch of biotechnology that consists in modifying hereditary characteristics of an organism by altering its genetic material. Usually it is used to get that certain microorganisms, such as bacteria or viruses, increase the synthesis of compounds, form new compounds or adapt to different environment.

It is a safer and more efficient tool for improving species than traditional methods (crossing) as it eliminates much of the randomness. On the other hand, modern biotechnology also becomes a new technology that has the power to modify the attributes of living organisms by introducing genetic material prepared in vitro.

It could be defined as the set of methodologies to transfer genes from one organism to another and express them (to produce proteins for which these genes encode) in different organisms of the original organism. DNA which combines fragments of different organisms is called recombinant DNA. Consequently, genetic engineering’s techniques are called recombinant DNA techniques.

Currently there are more plant organisms genetically modified than animal organisms. For this reason I will explain genetic engineering based on plants.

GENETIC ENGINEERING vs. TRADITIONAL METHODS

This methodology has 3 key advantages compared with traditional methods of genetic improvement based on hybridization:

  • The genes could come from any specie (for example a bacteria’s gene can be incorporated in soy‘s genome).
  • At genetically improved plant you may introduce a single new gene preserving the remaining genes from the original plant to their offspring.
  • This modification process delays less the deadlines than improvement by crossbreeding.

With this way you can modify properties of plants more broadly, more accurate and faster.

In traditional crossing it generates a hybrid which combines randomly genes of both parental organisms, including the gene of interest encoding the desired trait. In contrast, biotechnology techniques only pass one or few genes which encode a specific trait known. The new plant has all the original genes of the plant and an introduced gene accurately and directed (Figure 1).

fig1ENG
Figure 1. (A) Traditional method where, by crossing, a new variety is obtained. This carries the gene of interest (red), but also another genes randomly. (B) With genetic engineering we obtain a new variety of commercial plant with the gene of interest (red) of any other species (Source: Mireia Ramos, All You Need is Biology)

METHODOLOGY OF GENETIC ENGINEERING

Obtaining a transgenic organism through genetic engineering techniques involves the participation of an organism who gives the gene of interest and a receptor organism who will express the desired quality. The steps and the process techniques are:

0/ DECIDE THE AIM: MAKE KNOCK IN OR KNOCK OUT

KNOCK OUT:

This technique is to remove the expression of a gene, replacing it with a mutated version of itself, this being a non-functional copy. It allows the gene is not expressed.

KNOCK IN:

It is the opposite of the knock out process. A gene is replaced by a modified version of itself, which produces a variation in the resulting function of it.

In medicine, the knock in technique has been used as a strategy to replace or mutate genes that cause diseases such as Huntington’s chorea, in order to create a successful therapy.

1/ DOUBLE CHECK THAT THERE IS A GENE CODING FOR THE CHARACTERISTIC OF INTEREST

Firstly, you have to check the characteristic of interest comes from a gene, as this will be easier to transfer to a living organism that does not.

2/ CLONING THE GENE OF INTEREST

It is a complex process, but outline the steps are the following:

  • Extract DNA
  • Find a gene among the genes of this DNA
  • Sequence it
  • Build the recombinant vector

The DNA of interest is inserted into a plasmid, a circular DNA molecule with autonomous replication. The plasmids of bacterial origin are the most used (Video 1).

Video 1. “Clonación de un gen en un plásmido vector”. Explaining the use of plasmids as a vector in the process of cloning (Source: YouTube)

The development of these techniques was possible by the discovery of restriction enzymes. These enzymes recognize specific sequences and cut the DNA by these points. The generated ends can be sealed with ligase enzyme and to obtain a new DNA molecule, it called recombinant DNA (Figure 2).

adnrecombi
Figure 2. (1) Plasmid’s DNA (2) DNA from another living organism (3a, 3b) The restriction enzyme cuts DNA (4) The restriction enzyme recognizes AATT sequence and cuts between A and T nucleotides (5) The two DNAs are contacted with the purpose of forming recombinant molecules (6) A ligase enzyme joins the DNA ends (Source: GeoPaloma)

3/ CHARACTERISE GENE OF INTEREST

If we know the gene sequence we can compare this sequence with known gene sequence through bioinformatics, provided to determine which gene looks and assign a possible function. So when we have predicted the function of cloned gene we confirm it in vivo, usually transferring it to a model organism.

4/ MODIFY GENE OF INTEREST

We can add (promoter, introns…) or mutate sequences inside the encoding region.

5/ TRANSFORMATION OF A LIVING ORGANISM WITH GENE OF INTEREST

When we have finished the gene building with the desired gene and the promoter, the recombinant DNA is inserted into the cells of the living organism that we want to modify.

6/ CHARACTERIZATION GMO

When we already have the GMO (Genetically Modified Organism) it is analysed from the molecular and biological point. In the molecular analysis it must demonstrate if you have one or more copies of the transgene or how and what tissues the gene is expressed. In the biological analysis it looks if it achieves the objective for which it was designed.

REFERENCES

MireiaRamos-angles

¿Cómo se aplica la ingeniería genética en plantas?

Durante años, mediante el cruzamiento, se han conseguido plantas con una característica deseada después de muchas generaciones. La biotecnología acelera este proceso y permite a los científicos coger sólo los genes deseados de una planta, consiguiendo así los resultados esperados en una generación. La ingeniería genética nos permite hacer todo esto. En este artículo explicaré en qué consiste y su metodología.  

¿QUÉ ES LA INGENIERÍA GENÉTICA?

La ingeniería genética es una rama de la biotecnología que consiste en modificar las características hereditarias de un organismo mediante la alteración de su material genético. Habitualmente se utiliza para conseguir que determinados microorganismos, como bacterios o virus, aumenten la síntesis de compuestos, formen compuestos nuevos o se adapten a medios diferentes.

Es una herramienta más segura y más eficiente para el mejoramiento de especies que los métodos tradicionales (cruzamientos), ya que elimina gran parte de la aleatoriedad y del azar. Por otro lado, la biotecnología moderna también una deviene una nueva tecnología en disponer de la facultad de modificar los atributos de los organismos vivos mediante la introducción de material genético preparado in vitro.

Se podría definir como el conjunto de metodologías que permiten transferir genes de un organismo a otro y expresarlos (producir proteínas para las cuales estos genes codifican) en organismos diferentes al de origen. El ADN que combina fragmentos de organismos diferentes se llama ADN recombinante. Como consecuencia, las técnicas que utiliza la ingeniería genética se llaman técnicas de ADN recombinante.

A día de hoy hay muchos más organismos vegetales modificados genéticamente que no organismos animales. Por esta razón explicaré la ingeniería genética basándome en plantas.

INGENIERÍA GENÉTICA vs. MÉTODOS TRADICIONALES

Esta metodología tiene tres ventajas fundamentales respecto a las técnicas convencionales de mejora genética basadas en la hibridación:

  • Los genes que se tienen que incorporar pueden venir de cualquier especie, emparentada o no (por ejemplo un gen de una bacteria se puede incorporar al genoma de la soja).
  • A la planta mejorada genéticamente se le puede introducir un único gen nuevo preservando el resto de los genes de la planta original a su descendencia.
  • Este proceso de modificación retrasa mucho menos los plazos que la mejora por cruzamiento.

De esta forma se pueden modificar propiedades de las plantas de manera más amplia, más precisa y más rápida.

Con el cruzamiento tradicional se genera un híbrido que combina al azar genes de los dos organismos parentales, entre ellos el gen de interés que codifica para el rasgo deseado. Con las técnicas de la biotecnología se pasan uno o algunos genes, que codifican una característica específica conocida. La planta nueva está integrada con todos los genes originales de la planta y un gen introducido de manera precisa y dirigida (Figura 1).

fig1ESP.jpg
Figura 1. (A) Método tradicional donde, mediante el cruzamiento, se obtiene una nueva variedad. Ésta lleva el gen de interés (rojo) pero también otros genes al azar. (B) Con la ingeniería genética obtenemos una nueva variedad de la planta comercial con el gen de interés (rojo) de cualquier otra especie (Fuente: Mireia Ramos, All You Need is Biology)

METODOLOGÍA DE LA INGENIERÍA GENÉTICA

La obtención de un organismo transgénico a través de técnicas de ingeniería genética implica la participación de un organismo que da el gen de interés y un organismo receptor del gen que expresará la nueva característica deseada. Las etapas y técnicas del proceso son las siguientes:

0/ DECIDIR EL OBJETIVO: REALIZAR UN KNOCK-IN O UN KNOCK-OUT

Técnica KNOCK-OUT:

El bloqueo de genes o knock-out es la técnica que consiste en suprimir la expresión de un gen, sustituyéndolo por una versión mutada de sí mismo, siendo esta copia no funcional. Esta técnica permite hacer que un gen se deje de expresar.

Técnica KNOCK-IN:

La técnica del knock-in es el proceso opuesto al del knock-out. Se remplaza un gen por una versión modificada de sí mismo, el cual produce una variación en la función resultante de éste.

En el ámbito de la medicina, el knock-in de genes se ha aplicado como estrategia para sustituir o mutar los genes que causan enfermedades como la Corea de Huntington, con el fin de ayudar a crear una terapia exitosa.

1/ CORROBORAR QUE EXISTE UN GEN QUE CODIFICA PARA LA CARACTERÍSTICA DE INTERÉS

Primero se tiene que comprobar que la característica que interesa proviene de un gen, ya que así será más fácil transferirla a un organismo que no la tenga.

2/ CLONAR EL GEN DE INTERÉS

Es un proceso complejo, pero a rasgos generales los pasos que se siguen son los siguientes:

  • Extraer el ADN
  • Buscar un gen entre todos los genes de este ADN
  • Secuenciarlo
  • Construir el vector recombinante

El ADN de interés se inserta en un plásmido, una molécula de ADN circular con replicación autónoma. Los más utilizados son los plásmidos de origen bacteriano (Video 1).

Video 1. “Clonación plásmido traducido”. Explicación de la utilitzación de plàsmidos en el proceso de clonación  como vector (Font: YouTube)

El desarrollo de estas técnicas fue posible gracias al descubrimiento de las enzimas de restricción. Estas enzimas reconocen secuencias específicas, de pocas bases, y cortan por este punto el ADN. Los extremos generados se pueden sellar con la enzima ligasa y obtener así una nueva molécula de ADN, nombrada recombinante (Figura 2).

adnrecombi
Figura 2. (1) ADN del plásmido. (2) ADN de otro organismo. (3a, 3b) Se corta el ADN con una enzima de restricción. (4) La enzima de restricción reconoce la secuencia AATT y corta entre los nucleótidos A y T de las cadenas de ADN. (5) Se ponen en contacto los dos ADN para que se formen moléculas recombinantes. (6) Una enzima ligasa une los extremos del ADN con tal de tener una nueva molécula (Fuente: GeoPaloma)

3/ CARACTERIZAR EL GEN DE INTERÉS

Conociendo la secuencia del gen se puede comparar con esta secuencia con la de genes ya conocidos a través de la bioinformática, con tal de determinar a qué gen se parece y asignarle una posible función. Después de haber predicho la función del gen clonado se confirma la función in vivo, normalmente transfiriéndolo a un organismo modelo.

4/ MODIFICAR EL GEN DE INTERÉS

Si se desea se puede agregar (promotor, intrones…) o mutar secuencias dentro de la región codificante para que se puede expresar en el sistema de interés.

5/ TRANSFORMACIÓN DE UN ORGANISMO CON EL GEN DE INTERÉS

Una vez finalizada la construcción genética con el gen y el promotor deseado, se inserta el ADN recombinante a las células del individuo que se quiere modificar.

6/ CARACTERIZACIÓN DEL OGM

Cuando ya se tiene el OGM (Organismo Genéticamente Modificado) se analiza desde el punto de vista molecular y biológico. En el análisis molecular se tiene que demostrar, entre otros, si tiene una (o más) copias del transgen o como y a qué tejidos se expresa el gen. En el análisis biológico se mira si cumple el objetivo por el cual se ha diseñado.

REFERENCIAS

MireiaRamos-castella

Com s’aplica l’enginyeria genètica en plantes?

Durant anys, mitjançant el creuament, s’han aconseguit plantes amb una característica desitjada després de moltes generacions. La biotecnologia accelera aquest procés i permet als científics agafar només els gens desitjats d’una planta, aconseguint així els resultats buscats en només una generació. L’enginyeria genètica ens permet fer tot això. En aquest article explicaré en què consisteix i la seva metodologia.

QUÈ ÉS L’ENGINYERIA GENÈTICA?

L’enginyeria genètica és una branca de la biotecnologia que consisteix a modificar les característiques hereditàries d’un organisme mitjançant l’alteració del seu material genètic. Habitualment s’utilitza per aconseguir que determinats microorganismes, com ara bacteris o virus, augmentin la síntesi de compostos, formin compostos nous o s’adaptin a medis diferents. És una eina més segura i més eficient pel millorament d’espècies que els mètodes tradicionals (creuaments), ja que elimina gran part de l’aleatorietat i l’atzar. D’altra banda, la biotecnologia moderna també esdevé una nova tecnologia, en disposar de la facultat de modificar els atributs dels organismes vius mitjançant la introducció de material genètic preparat in vitro.

Es podria definir com el conjunt de metodologies que permeten transferir gens d’un organisme a un altre i expressar-los (produir proteïnes per a les quals aquests gens codifiquen) en organismes diferents al d’origen. L’ADN que combina fragments d’organismes diferents s’anomena ADN recombinant. En conseqüència, les tècniques que utilitza l’enginyeria genètica es denominen tècniques d’ADN recombinant.

A dia d’avui hi ha molts més organismes vegetals modificats genèticament que no pas animals. Per aquesta raó explicaré l’enginyeria genètica basant-me en plantes.

ENGINYERIA GENÈTICA vs. MÈTODES TRADICIONALS

Aquesta metodologia té tres avantatges fonamentals respecte de les tècniques convencionals de millora genètica basades en la hibridació:

  • Els gens que s’han d’incorporar poden venir de qualsevol espècie, emparentada o no (per exemple un gen d’una bactèria es pot incorporar al genoma de la soja).
  • A la planta millorada genèticament s’hi pot introduir un únic gen nou preservant la resta dels gens de la planta original a la seva descendència.
  • Aquest procés de modificació endarrereix molt menys els terminis que no pas la millora per encreuament.

D’aquesta forma es poden modificar propietats de les plantes de manera més àmplia, més precisa i més ràpida.

Amb el creuament tradicional es genera un híbrid que combina a l’atzar gens d’ambdós organismes parentals, entre ells el gen d’interès que codifica pel tret desitjat. Amb les tècniques de la biotecnologia es passen un o alguns gens, que codifiquen una característica específica coneguda. La nova planta està integrada amb tots els gens originals de la planta i un gen introduït de manera precisa i dirigida (Figura 1).

fig1CAT.jpg
Figura 1. (A) Mètode tradicional on, mitjançant el creuament, s’obté una nova varietat. Aquesta porta el gen d’interès (vermell), però també altres gens a l’atzar. (B) Amb l’enginyeria genètica obtenim una nova varietat de la planta comercial amb el gen d’interès (vermell) de qualsevol altra espècie (Font: Mireia Ramos, All You Need is Biology)

METODOLOGIA DE L’ENGINYERIA GENÈTICA

L’obtenció d’un organisme transgènic a través de tècniques d’enginyeria genètica implica la participació d’un organisme que dóna el gen d’interès i un organisme receptor del gen que expressarà la nova característica desitjada. Les etapes i tècniques del procés són les següents:

0/ DECIDIR L’OBJECTIU: REALITZAR UN KNOCK-IN O UN KNOCK-OUT

Tècnica KNOCK-OUT:

El bloqueig de gens o knock-out és la tècnica que consisteix en suprimir l’expressió d’un gen, substituint-lo per una versió mutada de si mateix, sent aquesta còpia no funcional. Aquesta tècnica permet fer que un gen deixi d’expressar-se.

Tècnica KNOCK-IN:

La tècnica del knock-in és el procés oposat al del knock-out. Es reemplaça un gen per una versió modificada de si mateix, el qual produeix una variació en la funció resultant d’aquest.

En l’àmbit de la medicina, el knock-in de gens s’ha aplicat com estratègia per substituir o mutar els gens que causen malalties com la Corea de Huntington, per tal d’ajudar a crear una teràpia exitosa.

1/ CORROBORAR QUE EXISTEIX UN GEN QUE CODIFICA PER LA CARACTERÍSTICA D’INTERÈS

Primer s’ha de comprovar que la característica que interessa prové d’un gen, ja que així serà més fàcil transferir-la a un organisme que no la té.

2/ CLONAR EL GEN D’INTERÈS

És un procés complex, però a trets generals, els passos que es segueixen són els següents:

  • Extreure ADN
  • Buscar un gen entre tots els gens d’aquest ADN
  • Seqüenciar-lo
  • Construir un vector recombinant

L’ADN d’interès s’insereix en un plàsmid, una molècula d’ADN circular amb replicació autònoma. Els més utilitzats són els plàsmids d’origen bacterià (Vídeo 1).

Vídeo 1. “Clonación plásmido traducido”. Explicació de la utilització de plàsmids en el procés de clonació  com a vector (Font: YouTube)

El desenvolupament d’aquestes tècniques va ser possible gràcies a la descoberta dels enzims de restricció. Aquests enzims reconeixen seqüències específiques, de poques bases, i tallen l’ADN per aquest punt. Els extrems generats es poden segellar amb l’enzim lligasa i així obtenir una molècula d’ADN nova, anomenada recombinant (Figura 2).

adnrecombi
Figura 2. (1) ADN del plàsmid. (2) ADN d’un altre organisme. (3a, 3b) Es talla l’ADN amb un enzim de restricció. (4) L’enzim de restricció reconeix la seqüència AATT i talla entre els nucleòtids A i T de les cadenes d’ADN. (5) Es posen en contacte els dos ADNs perquè es formin molècules recombinants. (6) Un enzim lligasa uneix els extrems de l’ADN per tal de tenir una nova molècula (Font: GeoPaloma)

3/ CARACTERITZAR EL GEN D’INTERÈS

Coneixent la seqüència del gen es pot comparar aquesta seqüència amb la de gens ja coneguts a través de la bioinformàtica, per tal de determinar a quin gen s’assembla i assignar-li una possible funció. Després d’haver predit la funció del gen clonat es confirma la funció in vivo, normalment transferint-lo a un organisme model.

4/ MODIFICAR EL GEN D’INTERÈS

Si es desitja es pot agregar (promotor, introns…) o mutar seqüències dins de la regió codificant perquè es pugui expressar en el sistema d’interès.

5/ TRANSFORMACIÓ D’UN ORGANISME AMB EL GEN D’INTERÈS

Un cop acabada la construcció genètica amb el gen i el promotor desitjat, s’insereix l’ADN recombinant a les cèl·lules de l’individu que es vol modificar.

6/ CARACTERITZACIÓ DE L’OGM

Un cop obtingut l’OGM (Organisme Genèticament Modificat) s’analitza des del punt de vista molecular i biològic. En l’anàlisi molecular cal demostrar, entre altres, si té una (o més) còpies del transgen o com i a quins teixits s’expressa el gen. En l’anàlisi biològic es mira si compleix l’objectiu pel qual s’ha dissenyat.

REFERÈNCIES

 

MireiaRamos-catala